Sứ mệnh của Phân hiệu ĐHH tại Quảng Trị là đào tạo cán bộ có trình độ đại học, sau đại học có phẩm chất chính trị và đạo đức tư cách tốt, có kiến thức và năng lực thực hành nghề nghiệp tương xứng với trình độ được đào tạo, có sức khỏe để đáp ứng yêu câu công việc, phục vụ tốt sự phát triển kinh tế- xã hội của địa phương và khu vực.

Phân hiệu ĐHH tại Quảng Trị tổ chức tuyển sinh và đào tạo các ngành kỹ thuật, công nghệ (chưa được tổ chức đào tạo tại các trường Đại học thành viên của Đại học Huế, có điều kiện tổ chức đào tạo tại Quảng Trị) với định hướng phát triển thành Trường Đại học Kỹ thuật, trực thuộc Đại học Huế trong tương lai.

Mặc dù còn gặp nhiều khó khăn về cơ sở vật chất và nhân lực, nhưng được sự quan tâm sâu sắc của lãnh đạo Đại học Huế cùng với sự nỗ lực của cán bộ, giáo viên, nhân viên trong cơ quan,trong những năm vừa qua, Phân hiệu đã hoàn thành xuất sắc các nhiệm vụ đào tạo và từng bước đưa Phân hiệu phát triển theo định hướng, lộ trình.